Sitogenetik ve FISH Analizleri
sitogenetik analiz nedir egfr nedir
Günümüzde, lösemi hastalarında kanser tipinin belirlenmesi, klinik seyrin önceden tahmin edilebilmesi, tedavisi şeklinin belirlenmesi ve erken aşamadamoleküler sitogenetik (FISH) testler istenmektedir. Bu testler ile hastalardaki translokasyon, inversiyon, delesyon vb. genetik deðiþiklikler saptanabilmektedir. Aşağıda; bu hastalarda uygulanan genetik testler belirtilmiştir.
HER2/Neu
Epidermal growth faktör reseptör ailesinden olan ve meme kanseri patogenezinde önemli rol alan Her2/Neu, 17. kromozomun uzun koluna (17q11.2-q12) lokalize edilmiştir. Meme kanseri saptanmış hastaların yaklaşık %30 unda bu bölgede ekspresyon artışı saptanır. Ekspresyon artışı saptanan olgularda tekrarlama riski yüksek olup prognoz kötüdür.
Günümüzde; meme kanseri gelişen hastalarda, öncelikle Her2/Neu bölgesinin FISH yöntemi ile analizi istenerek ekspresyon artışı olup saptanmaya çalışılmaktadır. Sonuçların pozitif olduğu kişilerde trastuzumab (Herceptin) kullanımı sonrasında başarı şansı arttırılmaktadır.
Merkezimizde, meme kanseri saptanmış hastalarda tedavi protokolünü belirleyebilen Her2/Neu FISH analizleri uygulanmaktadır.
MOLEKÜLER GENETİK ANALİZLER
Meme ve Over Kanseri
Sık gözlenen meme kanseri, kadınlarda kanser nedeniyle meydana gelen ölümlerin en önemli nedenidir. Ailesel meme kanseri saptanan olguların %50 sinde hastalık BRCA1 ve BRCA2 gen mutasyonlarından kaynaklanır. 30 yaşın altında meme kanseri gözlenen kadınların yaklaşık %33 ü bu mutasyonlardan birisi için taşıyıcıdır. Over kanserleri ise kadınlarda kanser ölümlerinin 5. sırasında yer alır. Bunların %5-10 unda aile öyküsü mevcuttur ve sıklıkla BRCA1 ve BRCA2 mutasyonlarından kaynaklanır.
Aileden bir mutasyonu almış olan kadınlarda meme ve over kanseri gelişme riski genel populasyona göre anlamlı derecede artmıştır. BRCA1 mutasyonun varlığında bu risk meme kanseri ve over kanseri için sırasıyla %85 ve %45 dir. BRCA2 mutasyonlarında BRCA1 mutasyonları ile benzer olarak artmış meme kanseri riski gözlenir ve bu risk over kanseri için %27 dir.
Meme ve over kanserli hastalarda BRCA1 ve BRCA2 gen bölgelerinin incelenmesi merkezimizde yapılabilmektedir. Yapılan analizlerde genetik bölgedeki mutasyonların (değişikliklerin) yaklaşık %99 u saptanabilmektedir.
Kanser
Kalıtsal Non-Polipozis Kolon Kanseri (HNPCC)
HNPCC, tüm kolorektal kanser vakalarının %12 sini oluşturur. Tanı için güvenilir klinik markerlar henüz bulunmamaktadır. Bununla birlikte, MLH1 ve MSH2 genlerindeki mutasyonların kolon kanserine yakalanma riskini arttırdığı bilinmektedir. HNPCC vakalarının ~%90 ında bu iki genden birisinde mutasyon saptanmaktadır. HNPCC genlerinin bilinmesi, yaştan ve hastanın klinik geçmişinden bağımsız olarak genetik testlerin yapılabilmesine olanak sağlamaktadır.
EGFR
Merkezimiz, akciğer kanseri saptanmış hastalarda tümör dokusunda EGFR gen bölgesinin incelenmesi ve test sonuçlarının pozitif çıktığı hastalarda tedavi aşamasında belirli ilaçların tercih edilerek kullanılması aşamasını 2006 yılı başlarından itibaren takip etmektedir. Bu şekilde hastaların tedaviye yanıt verme şansının yükseltilebildiği konusu dikkatimizi çekmiştir.
Günümüzde birçok hekim bu bilgiler ışığında akciğer ve pankreas kanseri saptanan hastalarda bu testi istemekte ve test sonuçlarına göre Iressa (Gefitinib) ve Tarceva (Erlotinib) adlı ilaçları kullanarak başarı şansını arttırmaya çalışmaktadır.
EGFR DNA analizlerinin akciğer ve pankreas kanseri saptanmış hastalarda tedavi protokolünü yönlendirebilmesi ve yapılan çalışmalardaki bilimsel verilere göre mutasyonların sıklıkla 18, 19, 20 ve 21. ekzonlarda bulunduğunun saptanması sonrasında merkezimiz bazı ön çalışmaları başlatmıştır (EGFR mutation database- http://www.cityofhope.org/cmdl/egfr_db/index.html). 2006 yılı ortalarında başlayan bu çalışmalarda EGFR geninde bu 4 önemli ekzonun dizi analizlerinin yapılabilmesi için primerlar dizayn edilmiş ve ön çalışmalara başlanmıştır.
Bu çalışmalar sonrasında set-up aşaması ağustos ayında tamamlanmış ve hasta kabulüne başlanmıştır. Merkezimizde EGFR genindeki bu 4 önemli ekzon dizi analizi ile incelenerek mutasyonlar saptanabilmektedir.
FGFR3
Fibroblast growth faktör reseptör 3 (FGFR3) geni, hücre büyümesinin ve bölünmesinin regülasyonu gibi birçok önemli hücresel faaliyette rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar birden fazla hastalığa neden olabilmektedir.
FGFR3 geninde oluşan mutasyonlar sıklıkla otozomal dominant kraniosinostoz sendromlarında ve kondroplazilerde (Akondroplazi, Hipokondroplazi ve Tanatoforik Displazi) karşımıza çıkmaktadır. Bununla birlikte, mesane kanseri ve daha nadir olmakla birlikte multiple myelom ile serviks kanseri gelişen hastalarda da FGFR3 mutasyonları saptanmıştır.
Merkezimizde de FGFR3 geninin 9, 10, 13 ve 15. ekzonları dizi analizi yöntemi kullanılarak incelenebilmektedir. Bu sayede, Akondroplazi, Hipokondroplazi ve Tanatoforik Displazi’nin yanı sıra mesane kanseri gözlenen hastalardaki mutasyonlar da saptanabilmektedir.
Human Papilloma Virus
Kadınlarda serviks kanserinin onaylanmış bilinen tek sorumlusudur. Aynı zamanda, kronik üriner sistem enfeksiyonları, vaginosis ve vaginitis ile ilişkilidir. Genellikle genital herpesle birlikte bulunur.
Bugüne kadar genetik olarak 100 den fazla HPV tipi tanımlanmıştır. Bunların bazılarının sebep olduğu siğiller yaygın olarak ellerde ve ayaklarda bulunur, bazı siğiller ise servikste (rahim ağzı) gözlenirler ve bu bölgede bulunmaları son derece tehlikelidir. Bunların bir kısmı kadınlarda servikal kanserler için büyük bir risk faktörüdür. Erkeklerde bulunan siğiller ise anogenital bölgede yerleşim gösterir ve bu bölgeye ait nadir rastlanan kanserlerle ilişkilidir.
HPV genital bölgede bulunan ve cinsel ilişki ile geçtiği gözlenen en yaygın hastalıktır. Amerika’da bugüne kadar 20 milyon HPV vakası tanımlanmış olup bu sayıya her yıl "bir milyon" yeni hasta eklenmektedir.
Kansız ve mukussuz olarak bir vaginal fırça yardımı ile kolayca alınan vaginal smear örneğinden veya küçük bir müdahele sonrası kondilomun kendisinden HPV DNA sını elde etmek (eğer HPV pozitif ise) mümkündür. Merkezimizde, DNA eldesini takiben yapılan PCR sonuçları agaroz gel görüntüleme ile izlenir. Jel görüntülemede (+) sonuç HPV DNA sının varlığını gösterir. Daha sonra chip teknolojisi kullanılarak en sık gözlenen 35 tip için inceleme yapılır. Pozitif olan fakat ilk incelemede incelenen 35 tip içerisinde bulunmayan olgularda DNA dizi analizi yöntemi ile inceleme yapılır. İstenen olgularda direk DNA dizi analizi uygulanır.
DR. HAKAN BERKİL
Günümüzde, lösemi hastalarında kanser tipinin belirlenmesi, klinik seyrin önceden tahmin edilebilmesi, tedavisi şeklinin belirlenmesi ve erken aşamadamoleküler sitogenetik (FISH) testler istenmektedir. Bu testler ile hastalardaki translokasyon, inversiyon, delesyon vb. genetik deðiþiklikler saptanabilmektedir. Aşağıda; bu hastalarda uygulanan genetik testler belirtilmiştir.
HER2/Neu
Epidermal growth faktör reseptör ailesinden olan ve meme kanseri patogenezinde önemli rol alan Her2/Neu, 17. kromozomun uzun koluna (17q11.2-q12) lokalize edilmiştir. Meme kanseri saptanmış hastaların yaklaşık %30 unda bu bölgede ekspresyon artışı saptanır. Ekspresyon artışı saptanan olgularda tekrarlama riski yüksek olup prognoz kötüdür.
Günümüzde; meme kanseri gelişen hastalarda, öncelikle Her2/Neu bölgesinin FISH yöntemi ile analizi istenerek ekspresyon artışı olup saptanmaya çalışılmaktadır. Sonuçların pozitif olduğu kişilerde trastuzumab (Herceptin) kullanımı sonrasında başarı şansı arttırılmaktadır.
Merkezimizde, meme kanseri saptanmış hastalarda tedavi protokolünü belirleyebilen Her2/Neu FISH analizleri uygulanmaktadır.
MOLEKÜLER GENETİK ANALİZLER
Meme ve Over Kanseri
Sık gözlenen meme kanseri, kadınlarda kanser nedeniyle meydana gelen ölümlerin en önemli nedenidir. Ailesel meme kanseri saptanan olguların %50 sinde hastalık BRCA1 ve BRCA2 gen mutasyonlarından kaynaklanır. 30 yaşın altında meme kanseri gözlenen kadınların yaklaşık %33 ü bu mutasyonlardan birisi için taşıyıcıdır. Over kanserleri ise kadınlarda kanser ölümlerinin 5. sırasında yer alır. Bunların %5-10 unda aile öyküsü mevcuttur ve sıklıkla BRCA1 ve BRCA2 mutasyonlarından kaynaklanır.
Aileden bir mutasyonu almış olan kadınlarda meme ve over kanseri gelişme riski genel populasyona göre anlamlı derecede artmıştır. BRCA1 mutasyonun varlığında bu risk meme kanseri ve over kanseri için sırasıyla %85 ve %45 dir. BRCA2 mutasyonlarında BRCA1 mutasyonları ile benzer olarak artmış meme kanseri riski gözlenir ve bu risk over kanseri için %27 dir.
Meme ve over kanserli hastalarda BRCA1 ve BRCA2 gen bölgelerinin incelenmesi merkezimizde yapılabilmektedir. Yapılan analizlerde genetik bölgedeki mutasyonların (değişikliklerin) yaklaşık %99 u saptanabilmektedir.
Kanser
BRCA1
BRCA2
Meme Kanseri (kadın) BRCA2
85
85
Over Kanseri 85
45
27
Meme Kanseri (erkek) 27
-
5-8
Prostat Kanseri 5-8
15
20
Diğer kanserler 20
Artmýþ
25
25
Kalıtsal Non-Polipozis Kolon Kanseri (HNPCC)
HNPCC, tüm kolorektal kanser vakalarının %12 sini oluşturur. Tanı için güvenilir klinik markerlar henüz bulunmamaktadır. Bununla birlikte, MLH1 ve MSH2 genlerindeki mutasyonların kolon kanserine yakalanma riskini arttırdığı bilinmektedir. HNPCC vakalarının ~%90 ında bu iki genden birisinde mutasyon saptanmaktadır. HNPCC genlerinin bilinmesi, yaştan ve hastanın klinik geçmişinden bağımsız olarak genetik testlerin yapılabilmesine olanak sağlamaktadır.
EGFR
Merkezimiz, akciğer kanseri saptanmış hastalarda tümör dokusunda EGFR gen bölgesinin incelenmesi ve test sonuçlarının pozitif çıktığı hastalarda tedavi aşamasında belirli ilaçların tercih edilerek kullanılması aşamasını 2006 yılı başlarından itibaren takip etmektedir. Bu şekilde hastaların tedaviye yanıt verme şansının yükseltilebildiği konusu dikkatimizi çekmiştir.
Günümüzde birçok hekim bu bilgiler ışığında akciğer ve pankreas kanseri saptanan hastalarda bu testi istemekte ve test sonuçlarına göre Iressa (Gefitinib) ve Tarceva (Erlotinib) adlı ilaçları kullanarak başarı şansını arttırmaya çalışmaktadır.
EGFR DNA analizlerinin akciğer ve pankreas kanseri saptanmış hastalarda tedavi protokolünü yönlendirebilmesi ve yapılan çalışmalardaki bilimsel verilere göre mutasyonların sıklıkla 18, 19, 20 ve 21. ekzonlarda bulunduğunun saptanması sonrasında merkezimiz bazı ön çalışmaları başlatmıştır (EGFR mutation database- http://www.cityofhope.org/cmdl/egfr_db/index.html). 2006 yılı ortalarında başlayan bu çalışmalarda EGFR geninde bu 4 önemli ekzonun dizi analizlerinin yapılabilmesi için primerlar dizayn edilmiş ve ön çalışmalara başlanmıştır.
Bu çalışmalar sonrasında set-up aşaması ağustos ayında tamamlanmış ve hasta kabulüne başlanmıştır. Merkezimizde EGFR genindeki bu 4 önemli ekzon dizi analizi ile incelenerek mutasyonlar saptanabilmektedir.
FGFR3
Fibroblast growth faktör reseptör 3 (FGFR3) geni, hücre büyümesinin ve bölünmesinin regülasyonu gibi birçok önemli hücresel faaliyette rol oynar. Bu gendeki mutasyonlar birden fazla hastalığa neden olabilmektedir.
FGFR3 geninde oluşan mutasyonlar sıklıkla otozomal dominant kraniosinostoz sendromlarında ve kondroplazilerde (Akondroplazi, Hipokondroplazi ve Tanatoforik Displazi) karşımıza çıkmaktadır. Bununla birlikte, mesane kanseri ve daha nadir olmakla birlikte multiple myelom ile serviks kanseri gelişen hastalarda da FGFR3 mutasyonları saptanmıştır.
Merkezimizde de FGFR3 geninin 9, 10, 13 ve 15. ekzonları dizi analizi yöntemi kullanılarak incelenebilmektedir. Bu sayede, Akondroplazi, Hipokondroplazi ve Tanatoforik Displazi’nin yanı sıra mesane kanseri gözlenen hastalardaki mutasyonlar da saptanabilmektedir.
Human Papilloma Virus
Kadınlarda serviks kanserinin onaylanmış bilinen tek sorumlusudur. Aynı zamanda, kronik üriner sistem enfeksiyonları, vaginosis ve vaginitis ile ilişkilidir. Genellikle genital herpesle birlikte bulunur.
Bugüne kadar genetik olarak 100 den fazla HPV tipi tanımlanmıştır. Bunların bazılarının sebep olduğu siğiller yaygın olarak ellerde ve ayaklarda bulunur, bazı siğiller ise servikste (rahim ağzı) gözlenirler ve bu bölgede bulunmaları son derece tehlikelidir. Bunların bir kısmı kadınlarda servikal kanserler için büyük bir risk faktörüdür. Erkeklerde bulunan siğiller ise anogenital bölgede yerleşim gösterir ve bu bölgeye ait nadir rastlanan kanserlerle ilişkilidir.
HPV genital bölgede bulunan ve cinsel ilişki ile geçtiği gözlenen en yaygın hastalıktır. Amerika’da bugüne kadar 20 milyon HPV vakası tanımlanmış olup bu sayıya her yıl "bir milyon" yeni hasta eklenmektedir.
Kansız ve mukussuz olarak bir vaginal fırça yardımı ile kolayca alınan vaginal smear örneğinden veya küçük bir müdahele sonrası kondilomun kendisinden HPV DNA sını elde etmek (eğer HPV pozitif ise) mümkündür. Merkezimizde, DNA eldesini takiben yapılan PCR sonuçları agaroz gel görüntüleme ile izlenir. Jel görüntülemede (+) sonuç HPV DNA sının varlığını gösterir. Daha sonra chip teknolojisi kullanılarak en sık gözlenen 35 tip için inceleme yapılır. Pozitif olan fakat ilk incelemede incelenen 35 tip içerisinde bulunmayan olgularda DNA dizi analizi yöntemi ile inceleme yapılır. İstenen olgularda direk DNA dizi analizi uygulanır.
DR. HAKAN BERKİL
